Ah, je crois savoir : j'ai embarqué mes troupes dans des navires pour leur faire quitter salamis.
Donc quand elles sont entrés dans mes bateaux, elles appartenaient à la garnison de Salamis.
Entre temps, la cité a été envahie par nekta puis elle s'est rebellée (ou alors elle s'est rebellée du fait de l'absence de garnison) et quand mes unités ont débarqué, salamis ne m'appartenait plus, d'où le bug.
Il faudrait donc à mon avis faire une magouille pour que les unités embarquées ne soient plus ressortissante d'une garnion spoécifique (ou un truc du genre) pour éviter qu'au débarquement il y ait conflit de "nationalité"